Entre los acuarios urbanos de Tokio, el Sumida Aquarium destaca por su formato compacto y autoguiado dentro del Tokyo Skytree Town, y por una duración de la visita de entre una hora y media y tres horas. Inaugurado en 2012, el acuario se centra en los entornos marinos locales en el tanque Tokyo Dai-Suiso, ofrece la posibilidad de observar pingüinos y lobos marinos en recintos abiertos, y garantiza una experiencia sin barreras y totalmente cubierta.

El Sunshine Aquarium es uno de los acuarios urbanos más emblemáticos de Tokio: abrió sus puertas en 1978, se renovó por completo en 2011 y ahora cuenta con unos 10 000 animales en un espacio muy compacto situado en la azotea del Sunshine City. Las exposiciones de arrecifes, medusas y ríos en el interior dan paso al Jardín Marino al aire libre, lo que demuestra cómo un acuario en pleno centro de la ciudad puede encajar en un breve itinerario por Tokio.

Inaugurado en 2004, el Acuario de Enoshima muestra cómo se puede construir un acuario costero en torno a un entorno marino concreto. Sus tanques de la bahía de Sagami, las exposiciones de aguas profundas relacionadas con la fosa de Sagami, que está cerca, y las exhibiciones de medusas, fruto de la colaboración en investigación, le dan un enfoque regional y científico más marcado que el típico programa de «peces y espectáculo» que se ofrece hoy en día a los visitantes.