Trotz seines modernen Aussehens lässt sich die Geschichte des Tokyo Skytree bis ins 16. Jahrhundert zurückverfolgen, als in der Gegend ein Turm namens Musashi Kosugi Signal Tower errichtet wurde. Der Turm diente der Übertragung von Signalen zur Burg Edo, die sich in der Altstadt von Edo (dem heutigen Tokio) befand.