Unter den städtischen Aquarien Tokios sticht das Sumida Aquarium durch sein kompaktes, selbstständiges Besichtigungskonzept innerhalb der Tokyo Skytree Town sowie durch eine Besichtigungsdauer von etwa 1,5 bis 3 Stunden hervor. Das 2012 eröffnete Aquarium stellt die lokalen Meereslebensräume im „Tokyo Dai-Suiso“-Becken in den Mittelpunkt, bietet zudem die Möglichkeit, Pinguine und Pelzrobben aus nächster Nähe zu beobachten, und sorgt dafür, dass das Erlebnis barrierefrei und vollständig unter Dach stattfindet.

Das Sunshine Aquarium prägt das Konzept der städtischen Aquarien in Tokio maßgeblich: Es wurde 1978 eröffnet, 2011 umfassend renoviert und präsentiert heute rund 10.000 Tiere in einer kompakten Anlage auf dem Dach des Sunshine City. Die Innenausstellungen zu Riff, Quallen und Flusslandschaften führen zum „Marine Garden“ unter freiem Himmel und zeigen, wie sich ein Aquarium im Stadtzentrum in ein kurzes Tokio-Programm integrieren lässt.

Das im Jahr 2004 eröffnete Enoshima-Aquarium zeigt, wie ein Küstenaquarium rund um eine bestimmte Meeresumgebung gestaltet werden kann. Die Becken in der Sagami-Bucht, die Tiefsee-Exponate, die einen Bezug zum nahegelegenen Sagami-Graben herstellen, sowie die im Rahmen einer Forschungskooperation gestalteten Quallenausstellungen verleihen dem Aquarium heute eine stärkere regionale und wissenschaftliche Ausrichtung als ein herkömmliches Angebot, das sich lediglich auf Fische und Shows beschränkt.