Van alle stedelijke aquaria in Tokio onderscheidt het Sumida Aquarium zich door zijn compacte opzet, waarbij je zelf je route bepaalt, in Tokyo Skytree Town, en een bezoekduur van ongeveer 1,5 tot 3 uur. Het is in 2012 geopend en richt zich op lokale mariene ecosystemen in het Tokyo Dai-Suiso-aquarium, biedt open uitkijkpunten voor pinguïns en pelsrobben, en zorgt ervoor dat de ervaring toegankelijk is voor iedereen en volledig binnen plaatsvindt.

Sunshine Aquarium is een van de pioniers van het concept van stedelijke aquaria in Tokio: het opende in 1978, werd in 2011 grondig gerenoveerd en toont nu zo’n 10.000 dieren in een compacte opstelling op het dak van Sunshine City. De binnenaquaria met koraalriffen, kwallen en rivierlandschappen leiden naar de openlucht Marine Garden, wat laat zien hoe een aquarium in het stadscentrum prima in een kort bezoek aan Tokio past.

Het Enoshima Aquarium, dat in 2004 werd geopend, laat zien hoe je een kustaquarium kunt bouwen rond een specifieke mariene omgeving. De aquaria in de Sagami-baai, de diepzeetentoonstellingen die aansluiten bij de nabijgelegen Sagami-trog, en de kwallententoonstellingen die tot stand zijn gekomen dankzij onderzoekssamenwerking zorgen ervoor dat het park tegenwoordig een sterkere regionale en wetenschappelijke focus heeft dan het gebruikelijke aanbod van vissen en shows voor bezoekers.