Parmi les aquariums urbains de Tokyo, l'Aquarium de Sumida se distingue par son format compact en libre-service au sein du Tokyo Skytree Town et par une durée de visite d'environ 1 h 30 à 3 heures. Ouvert en 2012, ce parc met à l'honneur les environnements marins locaux dans le bassin Tokyo Dai-Suiso, propose des espaces d'observation en plein air pour les manchots et les otaries à fourrure, et offre une expérience entièrement accessible à tous et entièrement couverte.

Le Sunshine Aquarium contribue à définir le modèle de l'aquarium urbain à Tokyo : ouvert en 1978, il a fait l'objet d'une rénovation en profondeur en 2011 et présente aujourd'hui environ 10 000 animaux dans un espace compact aménagé sur le toit du complexe Sunshine City. Les bassins intérieurs consacrés aux récifs, aux méduses et aux rivières mènent au « Marine Garden » en plein air, illustrant ainsi comment un aquarium situé en centre-ville peut s'intégrer dans un court séjour à Tokyo.

Ouvert en 2004, l'aquarium d'Enoshima montre comment un aquarium côtier peut être conçu autour d'un environnement marin spécifique. Ses bassins de la baie de Sagami, ses expositions en eaux profondes liées à la fosse de Sagami toute proche et ses présentations consacrées aux méduses, fruit d'une collaboration scientifique, lui confèrent aujourd'hui une dimension régionale et scientifique plus marquée que ne le ferait une offre classique se limitant à des poissons et à des spectacles pour les visiteurs.