Среди городских аквариумов Токио «Сумида Аквариум» выделяется своим компактным форматом самостоятельного посещения в комплексе Tokyo Skytree Town и продолжительностью экскурсии около 1,5–3 часов. Открытый в 2012 году, он представляет местные морские экосистемы в аквариуме «Токио Дай-Суисо», предлагает возможность наблюдать за пингвинами и морскими котиками в открытом пространстве, а также обеспечивает безбарьерный доступ и полностью крытое пространство.

Аквариум «Sunshine» во многом определил формат городских аквариумов в Токио: он открылся в 1978 году, в 2011-м прошёл масштабную реконструкцию, а сейчас представляет около 10 000 животных в плотно застроенном пространстве на крыше комплекса «Sunshine City». Экспозиции с рифовыми рифами, медузами и речными обитателями ведут к «Морскому саду» под открытым небом, демонстрируя, как аквариум в центре города можно вписать в краткую программу поездки по Токио.

Открытый в 2004 году аквариум Эносима демонстрирует, как можно построить прибрежный аквариум с учетом особенностей конкретной морской экосистемы. Благодаря аквариумам в заливе Сагами, экспозициям глубоководных обитателей, связанным с расположенной неподалеку впадиной Сагами, а также экспозициям медуз, созданным в рамках научного сотрудничества, этот аквариум сегодня отличается более ярко выраженной региональной и научной направленностью, чем обычные аквариумы, где посетителям просто показывают рыбок.